Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta untuk Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membuatnya memilih Akademi Militer Nasional daripada kuliah di universitas Amerika terkemuka, meskipun prestasi di sekolah menengahnya tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berdekatan dengan rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga keamanan.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo berprestasi sebagai kapten tim sepak bola, tim debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Menariknya, pada saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
